Pregunta:
¿La mejor metodología para comparar el árbol de filogenia calculado con la taxonomía?
Xqua
2016-02-18 06:38:25 UTC
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He calculado un árbol filogenético usando una alineación de secuencias y me gustaría:

  1. Compararlo con la taxonomía "conocida" (uniprot / ncbi, que sé que no es la más actualizada hasta la fecha) y extraer una métrica de cuán "divergente" es.
  2. [Opcional] Visualice las diferencias (probablemente pueda encontrar una solución para esa, pero si alguien conoce una buena herramienta para hacerlo)

¿Qué Cuáles son las mejores métricas / herramientas / metodologías para hacer tal comparación?

¡Gracias!

One responder:
G_T
2016-02-20 04:53:12 UTC
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Eche un vistazo al paquete ape en R. Tiene una función llamada cophyloplot que le permite visualizar dos árboles así:

enter image description here

Que se describe bien en esta pregunta (también la fuente de la imagen).

También hay la función dist.topo que produce una métrica que describe la distancia topológica entre dos árboles filogenéticos. No sé si esto es lo que quiere decir con "divergente", pero espero que ayude.



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